國內外治理畜禽糞便主要分為產前、產中和產后治理。

產前治理

發達國家對養殖場污染物的治理主要采用源頭控制的對策，因為即使在對農民有巨額補貼的歐洲國家，能夠采用污水處理設備的畜禽養殖場也很少，為此畜禽場面源控制，主要通過制定畜禽場農田最低配置(指畜禽場飼養量必須與周邊可蓄納畜禽糞便的農田面積相匹配)、畜禽場化糞池容量、密封性等方面的規定進行。在日本、歐洲大部分國家，強制要求單位面積的養殖畜禽數量，使畜禽養殖數量與地表的植物及自凈能力相適應。借鑒國外的經驗，我國在新建畜禽養殖場時，應進行合理的規劃，以環境容量來控制養殖場的總量規模，調整養殖場布局，劃定禁養區、限養區和適養區，同時應加強對新建場的嚴格審批制度，新建場一般都要設置隔離或綠化帶，并執行新建項目的環境影響評價制度和污染治理設施建設的“三同時”(養殖場建設應與污染物的綜合利用、處理與處置同時設計、同時施工和同時投入使用。)制度，還可以借鑒工業污染治理中的經驗，從制定工藝標準、購買設備補貼以及提高水價等方面推行節水型畜牧生產工藝，從源頭上控制集約化養殖場污水量。

產中治理

一方面注重研究的是采取動物營養性環保措施。張云影等研究顯示，降低日糧蛋白質水平2%，可使生長肥育豬的氮排出量減少約20%。有關試驗表明，降低生長豬日糧蛋白質濃度，可補充賴氨酸和蘇氨酸，不會影響生長性能。選用含硫低的飼料原料，配制營養合理含硫量低的日糧，仔豬的總硫和硫酸鹽的排泄量可以減少約30%，可帶來豬舍硫化氫氣體排放的減少。在減少磷的排泄方面，研究表明，每公斤飼糧添加l000酶單位的微生物植酸酶，可將約l/3的不可利用磷轉化為可利用磷，減少無機磷的添加量，從而減少豬糞便磷排出對環境的污染。在環境保護方面，已證實多階段飼喂法可提高飼料轉化率70%，豬在肥育后期，采用二階段飼喂比采用一階段飼喂法的氮排泄量減少8.5%。飼喂階段分得越細，不同營養水平日糧種類分得越多，越有利于減少氮的排泄。另一方面研究是從強化管理入手，推廣畜禽養殖場清潔生產技術，采用科學的房舍結構、生產工藝，實現固體和液體、糞與尿、雨水和污水三分離，降低污水產生量和降低污水氨、氮濃度。通過對生產過程中主要產生污染的環節實行全程控制，達到控制和防治畜禽養殖可能對環境的污染。